以下有劇情透露。
鍊金術師進行人體鍊成的失敗品就是人造人。
人造人見到自己被創造出來時使用的骨肉就會全身無力。
如果鍊金術師能力、意念夠強，人造人身上會有鍊金術師對想復活者的記憶。
所謂的人造人，在出生的時候沒有人類外型，給了他們營養來源的血紅之石（賢者之石類似品）後，才會擁有固定的力量、人的外型。他們也可以一點一點改變外型，來假裝歲數逐漸增加。
人造人不能使用煉金術是因為他們從門的另一邊過來。
當然既然人造人出生時沒有人類外型，所以這血紅之石就是其他人物給的。這人物在故事後半出現。起先以伊茲米師傅身分出現，是一名有年紀的老婆婆，名為但丁。隨著豆爸現身，也揭開她的真面目。
四百年前豆爸利用魔女狩獵或黑死病等等人命練成了賢者之石，但瀕臨死亡，所以但丁把豆爸的靈魂轉移到其他人的肉體上，他們因此得到永遠的生命。期間豆爸不知為何離開但丁，之後認識愛德華與阿爾馮斯的母親。
但是靈魂因為不斷轉移肉體而劣化，才導致轉移的肉體腐爛（？）。豆爸也因此離開，留下母子三人。
豆爸知道但丁在追殺他的兒子們，而來勸阻。
雙方打鬥中，但丁想知道門的那一邊究竟有什麼，而且靈魂、意識、肉體都還沒固定的嬰兒最容易開門。所以但丁用嬰兒打開門，豆爸被帶進門的那一邊，向死去的妻子表示他們的兒子不會有事。
由此帶出「門」的設定。愛德華與伊茲米之所以能不使用鍊成陣就使用鍊金術，是因為過去進行人體鍊成時失敗並看過「門」。愛德華認為那是「真理」，因為自己在那一瞬間知道各種知識，甚至是鍊金術的最終祕密，但伊茲米對此存疑。
揭穿但丁的真面目後，愛德華被但丁送進門的另一邊，見到同樣被送過去的豆爸。他們位於無法使用鍊金術的世界（現實世界遭到德軍轟炸的倫敦）。豆爸解釋他們所在的世界所使用的鍊金術能量，就是這個世界死去的人們。而這個世界除了鍊金術不發達以外，其餘都和他們的世界很像，所以有很像愛德華的孩子，或許在其他地方也有很像阿爾馮斯的孩子。
豆爸認為現在的愛德華只是靈魂與精神附身在目前這個與愛德華相似的孩子身上，身體則留在門那裡。只要打開自己內在的門，就能找到身體。不料愛德華之後被墜落的齊柏林飛艇擊中，同時鍊金術世界的但丁為了阻止拉斯使用鍊金術而打開門奪走拉斯身上的愛德華手腳，愛德華因此從門回來。
愛德華發現變成賢者之石的阿爾馮斯快被庫拉多尼吃掉，試圖阻止但遭到恩維阻擋。兩人戰鬥中，愛德華看見恩維化身為年輕時的豆爸模樣──原來恩維的誕生就是豆爸試圖人體練成他與但丁死於水銀中毒的兒子。豆爸的離開讓恩維懷恨在心，因此誓言殺死豆爸。意外的人物讓愛德華呆住，恩維便趁殺了愛德華。
阿爾馮斯見到愛德華被殺，先讓庫拉多尼不能啃食自己，接著，打算用已經化身成賢者之石的自己使愛德華復活。恩維上前要阻止，卻和愛德華一同見到門。「門的那邊到底有什麼？」「我過去的時候，好像是在一個叫做倫敦的城市。我爸是這麼說的。」「什麼？！那傢伙在那邊嗎？！好，我也要過去！」於是恩維就主動打開門過去，途中變成一條東方龍模樣的銜尾蛇。
愛德華醒來見到羅賽，這才知道阿爾馮斯讓自己復活，連身體都恢復了。愛德華以自己將破壞這個地下城為由，要羅賽先帶著拉斯離開。而在他們離開後，不意外愛德華打算以自己為代價帶阿爾馮斯回來。
之後以倒敘方式說明他們找到肉體十歲、失去這四年來記憶的阿爾馮斯。阿爾馮斯從他人口中得知哥哥與自己在這四年來的冒險，想重新跟隨伊茲米學習鍊金術，然後找到哥哥。
鏡頭一轉，豆爸參加奇怪的宗教團體祈禱儀式。結束後在回家的路上邊抱怨通貨膨脹云云，回到家後，發現愛德華正在整理行李。愛德華想去拜訪火箭發明者，認為火箭或許可以帶自己回到原本的世界。
是的，愛德華不知為何又來到門的另一邊，而且明明阿爾馮斯已經重新鍊回他的身體，沒料到過來這邊時又恢復成機械鎧了。
搭上火車的愛德華與阿爾馮斯，不約而同朝窗外伸出手，誓言一定會再見到對方。
雜記：
覺得這原創的人造人來由很有意思。人體鍊成失敗的成品是人造人。不過鍊成後就擁有自我意識？懂語言？（跟後來解釋的鍊金術師投注感情有無關係？）吃下血紅之石才會想起自己的誕生（這又是另一個不解之謎）。
話說在阿爾馮斯帶著失去手腳的愛德華跑去向比拿可求救，比拿可事後沒去確認那鍊成的東西嗎？之後從斯洛思的回憶知道，她跑出來後獲得但丁給的血紅之石，然後才慢慢有了人形。不過當初愛力克兄弟要鍊成母親時，應該沒有用母親的遺骸吧？頂多用遺傳情報──兄弟倆的血液。
至於在兄弟倆生存遊戲小島上遇到的人造人就更令人意外了，因為他居然有愛德華付出代價的手腳。他是伊茲米人體鍊成失敗產生的人造人，但伊茲米把失敗的嬰兒送回門。所以他就待在門附近，但是居然能拿走愛德華鍊成母親與阿爾馮斯靈魂所付出的手腳。而且還會長大？然後就可以逃離門？
覺得這設定很有趣，可以再多加琢磨點……套用 EVA 設定應該就是人體鍊成時，成品有「人」的意識與靈魂就稱為EVA；沒有就是使徒，唯一念頭是想回歸亞當（賢者之石）……嗯，這樣 EVA 就直接結局了呢XD
至於那個門……原來是次元之門啊，還以為是真理之門呢。不過把鍊金術的發動能量解釋為人命似乎……嗯，比較喜歡地球本身能量的設定。
不過為什麼豆爸會知道人造人是從門另一邊過來的呢？人體練成失敗後，使用的人命能量賦予人造人生命嗎？
如果門可以通到其他世界應該很有趣XD（CROSSOVER寫作題材）
其他：
塔克把妮娜（疑似體）放進水槽那一幕真像綾波在培養槽裡的景象。
萊拉摟著羅賽的畫面太美，無法直視。
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